Автономия института науки и одновременно его зависимость от внешних инвестиций приводят к известному напряжению между наукой и государственно-социальными сферами относительно проблемы финансирования. Это серьезная проблема, которая, в связи с тем что наука нуждается в непрерывном расширении своих материально-технических возможностей, постоянно оказывается обостренной. Даже если согласиться, что в конечном итоге себестоимость научного исследования оказывается низкой по сравнению с неисчислимыми экономическими выгодами от применения научных результатов, в текущей хозяйственной политике постоянно актуальным является вопрос о реальных финансах, которые должны быть инвестированы в науку. С точки зрения реального финансирования наука становится все более дорогим предприятием. Так, даже такая рафинированная дисциплина, как математика, сегодня является весьма дорогим удовольствием: для того чтобы содержать и поддерживать серьезную математическую научную школу, давать ей возможность публиковаться, проводить конференции, нужны немалые средства. Причем закрытие (или насильственное сокращение) школы нанесет непоправимый урон науке, поскольку (как говорилось в § 7.2) элитарная научная школа имеет культурную ценность и не может быть выращена какими-либо внешними мерами.
Кроме того, трудности финансирования связаны с неопределенностью сроков и объема реальной окупаемости научных разработок. Ведь фундаментальные исследования, как правило, не могут быть выражены в точном денежном эквиваленте в сколь-нибудь обозримом будущем. Масса поисковых работ не только фундаментальною, но и прикладного характера оказывается просто неудачными. Разумеется, с этим нужно мириться, т.к. определенный риск и возможность ошибки входят в само понятие поиска. Однако риск в познавательном контексте и риск в материально-экономическом смысле — совершенно разные понятия; государственные и экономические сферы расценивают неудачный результат исследования (хотя он, возможно, в общем когнитивном продвижении имеет весьма положительное значение) однозначно негативно, причем выражают его в финансовых категориях. Добавим, что проблема адекватного финансирования осложняется также трудностями признания научным сообществом значения той или иной научной работы, а также трудностями ее модифицирования в прикладном направлении и последующего внедрения. Таким образом, экономические взаимоотношения науки и государственно-социальных сфер являются источником постоянной и, видимо, неустранимой конфликтности. Продуктивное решение текущих проблем в этих взаимоотношениях возможно только в результате открытого диалога с установкой на взаимопонимание науки и структур, определяющих экономическую политику.