Выразителем самосознания новой эпохи явился Рене Декарт (15961650). Он не только был крупнейшим математиком, но и пытался обобщить принципы математического мышления до уровня универсальной научной методологии — всеобщей математики, mathesis universalis. Эти принципы, по Р. Декарту, действуют везде, где осуществляется научное познание. Своим главным достижением Р. Декарт считал создание метода, который позволяет, как считал Р. Декарт, преодолеть скептицизм. Правильное мышление устанавливает несомненные первоначала; выводит из них все остальные утверждения. Основными действиями научного разума являются умение видеть самоочевидное (интуиция), строить логически достоверные рассуждения (дедукция), добиваться максимальной
полноты рассмотрения (энумерация). Программа Р. Декарта — это программа унификации всей науки. Исходный пункт несомненности Р. Декарт находит в знаменитом тезисе «cogito ergo sum» («мыслю, следовательно существую»). Дедуктивными рассуждениями Р. Декарт пытался выстроить далеко идущую метафизику и натурфилософию.
Декартовская теория познания опирается на учение о ясных и отчетливых идеях. К таким идеям относятся прежде всего базовые понятия математической механики — движение, фигура, число и др. Р. Декарт считалм эти идеи неотъемлемо присущими природе человеческого разума вообще. Ему был присущ оптимизм относительно возможностей познания. С его точки зрения мышление в терминах ясных и отчетливых идей гарантированно приходит к истине. В онтологии Р. Декарт — сторонник корпускулярной теории. В своем проекте физики он собирался объяснить все природные феномены на основании лишь геометрических и кинетических свойств движущихся корпускул, обойдясь даже без понятия сил. Явления притяжения он объяснял вихревыми эффектами. Изгнав любые скрытые качества из природного мира, Р. Декарт приходит к метафизическому дуализму: все явления, связанные с сознанием, принципиально бестелесны, непротяженны. И наоборот, все протяженное, природное не обладает никаким сознанием, а есть лишь масса механически движущейся материи.